上海市海洋牧场示范区建设旨在建立一块具有治理长江口水域荒漠化、修复改善长江口中华鲟的栖息环境、保护中华鲟等珍稀濒危水生生物资源、养护刀鲚、鳗苗、蟹苗等长江口特有经济渔业资源，以及提高河口生物多样性、调整长江口产业结构、促进长江口经济持续健康发展等诸多功能的特色河口型海洋牧场，为长江口水域生态修复和资源修复工作开拓新的工作措施，形成新的养护模式。

上海市海洋牧场示范区位于长江口崇明岛东滩水域、上海市长江口中华鲟自然保护区的实验区内，面积为14.4平方千米。示范区定位为资源生态保护型海洋牧场，一是通过人工鱼礁建设、海草移植和底栖生物底播等方式，修复、优化和保护中华鲟等珍稀濒危水生生物及刀鲚、凤鲚、大银鱼和银鲳等重要经济种类的栖息地、产卵场和索饵场，加强水生生物早期生物史阶段的养护，提高中华鲟等水生生物数量及资源补充量，促进渔业资源的养护与恢复；二是通过海草场移植，治理长江口水域荒漠化、提高水域的初级生产力。

2009年起，上海市共申请“渔业资源保护和转产转业项目”中“上海市海洋牧场示范区建设项目”5次，由保护区管理处执行了2009年度、2012年度、2013年度、2014年度、2015年度五个年度的项目建设任务，各项建设工作平稳有序，资源养护措施落实到位。多年来，中央财政共计投入项目资金1600万元。

上海市海洋牧场示范区填补了上海市海洋牧场建设的空白，首次开展了我国典型重要河口水域以珍稀濒危物种和重要渔业资源早期生物史阶段的生物养护为特色的资源生态保护型海洋牧场建设的探索与实践。

海洋牧场示范区以人工鱼礁建设、海草场移植和底栖生物底播为主要举措，取得了较为显著的生态效益与经济效益。共计建设了人工鱼礁275万空方，其中，人工鱼礁包括以竹桩为材质“竹阵鱼礁”（已取得了发明专利）和以混凝土桩为材质的圆台型滩涂构建礁，均为独创的河口型人工鱼礁，具有牢固、安全、施工便利、聚集生物、提供栖息环境的特点，为河口区的人工鱼礁建设提供了示范作用。

示范区建设项目共移植了海草场4.25公顷，移植的海草为海三棱藨草。海三棱藨草为长江口湿地植物的优势种，是湿地植被演替过程中的先锋植物，且可以促使泥沙淤积，起到促淤成陆的作用。随着海三棱藨草种群密度的增加，其与潮水的摩擦使近底流速减少16%～71%，波浪传入植被群落后能量迅速降低，因此产生其对潮水的缓流效应，能有效加快悬沙沉积速率，从而增加滩涂淤涨速度，从而加速滩涂植被向更高级阶段发展。此外，因其具有很强的抗风暴潮能力，大面积的海三菱藨草的生长可显著降低滩涂受海浪的侵蚀作用。海三棱藨草群落还是鱼类等水生生物产卵的附着基，以及幼鱼的栖息和索饵场。

示范区建设项目底播的底栖生物为本地物种，包括河蚬、缢蛏和日本刺沙蚕。共底播了规格500粒～800粒/公斤的河蚬302吨，规格500粒～1000粒/公斤的缢蛏44吨，规格300尾～500尾/公斤的日本刺沙蚕8.2吨，共计354.2吨。苗种以行船撒播的方式底播于人工鱼礁区域内。

根据上海市人民政府《上海市长江口中华鲟自然保护区管理办法》，保护区管理处设有监督检查科，专门从事保护区内执法检查工作，通过巡航检查、行政处罚等手段，能够对示范区水域做到常年监管，制止或者处罚破坏示范区设施、资源环境的行为。结合保护区封区管理的措施（每年5月1日～9月30日为封区管理期），期间禁止一切捕捞作业，能够保障示范区的资源养护工作。

根据几年来的跟踪资源监测和效果评估，示范区建设取得了生物聚集、底栖生物增殖，湿地植被恢复的生态修复作用，起到了提供生物栖息环境和饵料资源的牧场效果，在增加生物多样性、增加生物资源、缓解水域荒漠化方面起到了积极作用，达到了实现社会效益和生态效益的项目目标，起到了资源生态保护型海洋牧场示范的效果。