高性能计算
生物技术研究中心专门搭建了生物信息学平台, 包括了机架式服务器和集群两种环境，全部由HP和DELL服务器组成，采用高密度、高可靠、高可用、低功耗的体系结构设计。主要面向基因组分析、转录组分析和遗传育种分析等诸多研究提供高效稳定的计算服务。
目前，生物技术研究中心具有机架式服务器7台，集群系统1套，盘阵2套共72TB。计算网络采用40Gbps的InfiniBand 的高性能通信网络。生物信息学平台安装丰富的软件使用环境，让数据更方便快捷。
信息学平台规章制度与相关表格
为确保生物技术研究中心生物信息学平台（以下简称“平台”）计算资源的合理、高效与规范使用，保证中
心科研工作顺利开展，特制定生物技术研究中心生物信息学平台管理办法。详细管理办法请下载参阅。
为使用中心的生物信息学平台，新用户需填写开户申请单。因复杂运算需要，如需要申请更多计算资源，请
填写复杂运算申请表。
服务器
|
处理器 |
内存 |
硬盘 |
机架式服务器 |
4路8核 |
1T |
1T |
机架式服务器 |
4路6核 |
256G |
1T |
机架式服务器 |
2路4核 |
24G |
2T |
机架式服务器 |
2路4核 |
36G |
400G |
集群 |
8X4路8核 |
8X 256G |
8X 600G |
盘阵
|
带宽 |
硬盘 |
盘阵1 |
1Gbps |
24TB |
盘阵2 |
40Gpbs |
48TB |
软件列表
|
|
比对软件 |
Blast, blat, lastz, BWA, SMALT, Bowtie, Mummer, Clustalw, Muscle, SOAP, MAQ, Genewise |
基因组组装软件 |
Newbler， SOAPdenovo， ALLPATH-LG, Velvet, CAP3, ABySS, SSPACE, SOPRA，MIP scaffolder, Opera |
转录组组装软件 |
Trinity， Cufflink， SOAPdenovo-trans |
基因预测 |
AUGUSTUS，EVM，PASA，Glimmer, GenScan, GeneMark |
基因注释 |
Blast2GO, Interproscan |
重复序列识别软件 |
RepeatMasker, PILER, TEClass, TRF |
进化分析软件 |
STRUCTURE，MEGA， PHYLIP, PAML, |
多态性检测 |
SOAPsnp, Samtools, MAQ, GATK |
数据库列表
蛋白数据库 |
Uniprot，KEGG，NR，zebrafish，common carp |
核酸数据库 |
Zebrafish, common carp |
基因组数据库 |
Commoncarp , zebrafish |
数据库信息
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