黄海水产研究所

科研处获青岛市2009年度“全市专利统计工作先进集体”、 “全市科技统计工作先进集体”荣誉称号

工会财会获青岛市“工会财会工作先进集体”称号

工会女工委被青岛市总工会授予“青岛市先进女职工委员会”称号

老干部活动室被中共青岛市纪律检查委员会、市委组织部、宣传部授予“青岛市先进老干部党员活动室”称号

办公室被中共青岛市委保密委员会授予“青岛区域保密工作先进集体”荣誉称号

办公室获中共青岛市委保密委员会“学习宣传新保密法知识竞赛优秀组织奖”

东海水产研究所

农业部水产品质量监督检验测试中心（上海）获上海市委农村工作办公室、市农业委员会“服务世博，奉献世博先进集体”称号

南海水产研究所

南海水产研究所获广东省直属机关“创先争优迎亚运”垂钓比赛团体第四名

黑龙江水产研究所

黑龙江水产研究所荣获黑龙江省直属机关“首届球类比赛”优秀组织奖

长江水产研究所

质量与标准研究室被湖北省质量技术监督局评为湖北省标准化工作先进单位

珠江水产研究所

珠江所团总支被共青团广东省委员会授予“2009－2010年度广东省五四红旗团支部（总支）”称号

珠江水产研究所获广东省妇女联合会“爱心父母牵手困境儿童志愿行动优秀集体奖”

环保室被广东省第一次全国污染源普查领导小组授予“广东省第一次全国污染源普查先进集体”称号

珠江水产研究所获上海海洋大学“毕业生就业工作2009年贡献奖”

淡水渔业研究中心

九三学社淡水渔业研究中心支社被九三学社江苏省委评为“2010年度社会服务工作先进集体”

淡水渔业研究中心被无锡市公安局评为“平安企业”

渔业机械仪器研究所

生命之球养殖维生系统项目组被中共上海市委农村工作办公室授予“服务世博、奉献世博”先进集体称号

院部

中国水产科学研究院获2009年度中央国家机关文明单位称号

中国水产科学研究院被评为2009年度中央国家机关平安单位

中国水产科学科学院（农业部渔业生态环境监测中心）被国务院第一次全国污染源普查领导小组办公室、环境保护部、国家统计局、农业部联合授予“第一次全国污染源普查先进集体”荣誉称号

中国水产科学研究院获2008-2009年度农业部文明单位称号

中国水产科学研究院被农业部评为2010年度平安建设优秀单位

中国水产科学研究院被评为2009年度部直属机关党委宣传信息工作先进单位

中国水产科学研究院被农业部渔业局评为2009-2010年度渔业政务信息工作先进单位

中国水产科学研究院被评为2010年度农业部中青年干部学习论坛优秀组织奖

中国水产科学研究院被农业部财务司评为部系统2009年度住房改革支出决算考评第二名

中国水产科学研究院在农业部财务司举办的会计基础工作评比中获通报表扬

第四党支部获农业部2008-2009年度先进基层党组织称号

《中国水产科学》获中国科学技术信息研究所“2009年百种中国杰出学术期刊”奖。