1．水产种质资源整合共享项目全线推进
我院牵头、全国渔业科技协作网络成员单位参加承担的国家科技基础条件平台专项“水产种质资源标准化整理、整合与共享”项目，制定和完善了有关标准、规范、规程34项，重点针对现有种质资源和重要珍稀、濒危水生生物种质资源等开展标准化整理、整合和数字化表达，共完成活体152种52家系、标本473种、DNA130种、藻类50种等，建立了水产种质资源数据库和信息共享网站，跨部门、跨地区整合了院属研究所（中心）、中国科学院相关研究所和有关大学及部分省级水产科研院所等36家单位，制定完善了共享方案和工作制度，初步形成了覆盖全国主要水产科研教学单位的网络共享服务平台，为推动我国水产种质资源共享和社会化服务奠定了良好基础。
2．三峡工程濒危鱼类保护基础研究稳步进展
通过开展国家自然科学基金重大项目“三峡工程对中华鲟产卵场生态水力学条件的影响”课题、农业部“三峡工程珍稀鱼类保护生态补偿”项目等研究，收集和整理了中华鲟生态学数据和宜昌江段20年的水文数据，结合2004－2006年度的调查、测绘资料，获得了中华鲟葛洲坝下产卵场水文及流场的初步特征，完成了葛洲坝下河势调整工程期间中华鲟产卵场地形测绘，并获得了金沙江下游和长江上游江段4个历史产卵场的地形和流场数据，为评估大型水利工程对生态系统、生物多样性、重要生物资源的影响，提出栖息地恢复和种群重建措施提供了科学依据。
3．水产生物技术应用研究获得重要进展
开展了973项目“鱼类微卫星等遗传标记的筛选和分子标记辅助育种的应用基础研究”、“罗非鱼和黄颡鱼性别调控基础研究”、“863”计划“半滑舌鳎性别特异分子标记及遗传性别鉴定技术的建立”、国家自然科学基金项目“斑节对虾卵巢发育相关基因的克隆和表达研究”“珍珠贝分子标记及其辅助育种技术研究”、广东省科技计划项目“转基因观赏鱼可遗传品系的培育”等研究。克隆出29种水产养殖动物的微卫星序列共计12000个微卫星标记，设计出PCR引物，部分达到用于原良种的种质鉴定的阶段。首次建立了半滑舌鳎AFLP分析和DNA提取技术、性别鉴定PCR技术；揭示了半滑舌鳎雌性异配型的性别决定机制。首次成功将红色荧光蛋白基因转入唐鱼并繁殖到第三代，筛选到可稳定遗传的新品系，并获得了200多尾转红色荧光蛋白基因唐鱼。分离克隆了奥利亚罗非鱼和黄颡鱼的多个性别相关基因的cDNA，并进行了系列定量PCR分析。采用生物信息学分析方法构建了斑节对虾卵巢Ⅳ期和Ⅱ期正向和反向差减cDNA文库并进行了测序分析；采用同源克隆技术克隆了与卵巢发育相关的细胞周期蛋白B基因（cyclin B）和热休克蛋白Hsp90，初步研究了相关基因的组织表达和表达变化。首次构建了合浦珠母贝的AFLP标记遗传连锁图谱。用AFLP标记和RAPD标记对合浦珠母贝家系进行了遗传分离规律研究。以上研究为探索重要经济鱼类野生群体和繁殖群体的遗传结构、利用转基因技术培育鱼类优良品种发挥了重要作用。
4．优良新品种培育研究进展明显
该领域研究全院各单位都有参加，分别得到国家科技攻关计划、国家973、地方省重大科技计划等支持，以863计划“中国明对虾抗病新品种培育技术”项目、国家十五科技攻关计划 “水产优良品种选育及苗种繁育技术研究”课题等为代表，应用分子标记辅助育种技术系统研究了中国明对虾抗病品种培育技术，确定了酚氧化酶是中国明对虾的主要免疫因子并构建了杂交F1代遗传连锁图谱，定位了与13个抗WSSV性状相关的QTL位点，构建了微卫星三重PCR家系识别技术，为中国明对虾抗病品种选育提供了良好的技术储备；筛选了一批与生长、抗逆等经济性状相关的用于鱼、虾、贝选育种研究的分子遗传标记物，为“十一五”水产优良品种选育工作奠定了基础；选育出“黄海1号”新品种和栉孔扇贝、抗寒易起捕鲤等新品系；在罗非鱼良种选育方面建立了通过种间和远缘杂交培育罗非鱼新品种的技术途径，并建立了评价杂交鱼性状的完整技术方法，开展了奥鳜杂交鱼遗传学分析研究，进行了橙色莫桑比克罗非鱼（♀）×荷那龙罗非鱼（♂）的杂交组合试验，从小型试验中获得雄性率达到100%的莫荷鱼杂交后代，形成了一些具有优良性状的新品种。
5．水产健康养殖技术研究集成效果显著
针对水产养殖产业自身健康发展的养殖水产品质量安全问题，近年我院集中优势力量开展了系列健康养殖集成技术研究并取得显著成效。（1）国家自然科学基金等计划支持的“北方重要经济贝类健康养殖技术集成与示范研究”建立起以菲律宾蛤仔为主的贝类立袋式饵料藻类高密度培养技术和上升流贝类培育技术，设计开发的贝类幼体培育器可以采取底供式充气、可调式投饵和自动化进水等方式进行高密度、集约化幼虫培育，保证了幼虫生长发育的最佳条件，使幼虫具有较高生长速度和成活率；稚贝高密度培育器可以根据水质及其他环境条件的变化，合理控制稚贝密度、适时调整换水量和饵料种类和数量，满足稚贝生长的需要，大大提高了保苗密度和稚贝成活率。（2）山东省科技发展计划“海水养殖鱼虾清洁生产及其产品安全技术研究”紧密结合我国水产养殖发展需求，从养殖环境监测与质量分析评价、渔用药物药代动力学及残留监控技术研究、水产养殖质量控制关键技术与养殖示范、水产品加工质量安全监控技术的研究等四部分内容进行系统了一系列研究，建立了8种水产常用抗菌药物在水产品中的灵敏、快速检测方法；建立了6种抗菌药物土霉素、复方新诺明、诺氟沙星、噁喹酸、氟苯尼考、硫酸新霉素的安全使用技术，确立了土霉素、复方新诺明、诺氟沙星、噁喹酸、氟苯尼考在黑鲷、鲈鱼、牙鲆、对虾体内的休药期；制定了对虾、牙鲆无公害养殖技术规范、加工良好操作规范及安全质量标准。渔机所所长基金课题“基于微藻的对虾工业化健康养殖系统技术”研究在美国国家工程院院士、夏威夷大学教授王兆凯先生的指导下进行。在两个阶段小试的基础上，对系统设计、运行控制参数以及系统中一些关键控制点进行了深入的研究探讨，完成了一个中试规模的基于微藻的生态对虾养殖系统的系统能量平衡的理论计算和系统组成方面的相关设计工作。该研究利用微藻作为载体，吸收养殖过程中产生的氨氮，形成富余能量的深度利用，提高饲料总体利用率，可有效减少环境污染、控制病害发生，同时实现水的循环利用。
6．海水鱼类抗病功能基因研究不断深入
以黄海所承担的973项目“海水鱼类抗病的分子机理及其功能基因研究”为主，针对牙鲆、真鲷和大菱鲆等主要养殖海水鱼类系统开展了海水鱼类抗病的分子机理及其功能基因研究，为更好开展鱼类抗病研究工作奠定基础。主要开展了牙鲆和大菱鲆抗病相关功能基因和基因标记的筛选，进行了牙鲆和大菱鲆MHC基因多态性分析及其与鱼体抗病力关系的研究，初步筛选出2个与牙鲆和大菱鲆抗病力相关的MHC基因标记；构建了大菱鲆脾脏和头肾cDNA文库，通过大菱鲆趋化因子基因的克隆与表达分析发现CXC趋化因子在免疫应答中的作用；克隆了真鲷、牙鲆的抗菌肽基因等抗病免疫相关功能基因，研究了这些基因的特异表达和功能反应；筛选到200尾抗病个体和100多尾不抗病个体，建立了牙鲆和大菱鲆抗病基础群体。在863计划“中国明对虾抗病新品种培育技术”项目中，以抗病品种培育为目标，开展了抗病相关基础研究，确定了酚氧化酶是中国明对虾的主要免疫因子并构建了杂交F1代遗传连锁图谱，定位了与13个抗WSSV性状相关的QTL位点。
7．鱼类疫苗研究向实用化迈进稳步目标
在国家863、攻关计划和省级科技计划等重大专项支持下，我院从水产动物免疫机理、水产疫苗开发以及水产免疫技术推广等方面全面开展研究工作，取得了许多阶段性成果。在“养殖鱼类弧菌病基因工程疫苗实用化技术研究”“鳜鱼、河蟹等无公害养殖技术研究” “军曹鱼抗弧菌病亚单位疫苗的应用”“鱼类嗜水气单胞菌浸泡型疫苗产业关键技术研究与示范”等项目研究中，开展了鳜粘膜免疫机理等的研究、弧菌胞外产物（蛋白）规模化提取浓缩以及弧菌重组外膜蛋白的提取、工程菌规模化培养和诱导表达等工艺研究，摸索出较完善的纳米微球疫苗制备工艺；研制出系列鳜鱼疫苗，河蟹、罗氏沼虾免疫增强剂、池塘环境改良制剂；筛选出具有良好生物相容性、可吸收性以及靶向性和免疫效果的、可用于浸泡免疫的佐剂材料，制备的抗哈维氏弧菌口服微球疫苗效果接近注射免疫，实现了嗜水气单胞菌发酵用培养基的优化和规模化培养，完成了对深水网箱饲养的军曹鱼弧菌病疫苗的试验，在养殖鱼类疫苗实用化技术研究方面稳步推进。
8、淡水水产品加工流通质量控制研究取得明显进展
承担的农业部948项目“罗非鱼高值化加工关键技术的引进、创新与示范”，通过液熏罗非鱼片加工关键技术的引进和消化吸收再创新，系统研究了罗非鱼鱼片液熏工艺技术和质量控制方法，建立了熏制罗非鱼片的品质评价体系，开发出液熏鱼片中苯并芘残留量的控制和检测技术，解决了熏制罗非鱼片中苯并芘残留量超标和产品风味差的问题；实现了液熏罗非鱼片的中试生产。农业部“948”项目“水产食品微生物预报技术的引进”，对罗非鱼、大黄鱼等我国养殖鱼类特别是养殖淡水鱼类特定腐败菌进行了研究，填补国际上养殖鱼类特定腐败菌研究的不足和空白。在引进美国农业部开发的病原菌预报模型库（Pathogen Modeling Program，PMP）和英国农业、渔业和食品部开发的食品微生物模型库（Food Micromodel，FMM）基础上，通过消化吸收和转化，设计开发了国内第一个具有自主知识产权的鱼类货架期预测专家系统软件，建立和验证了低温贮藏罗非鱼、大黄鱼特定腐败菌生长动力学模型和剩余货架期预报模型，以自然污染鱼得到实验数据建立的特定腐败菌生长动力学模型预报准确度高、不受温度波动影响，实际应用性好，为鲜鱼冷却链流通的品质和安全实时监控提供了有效的数字化工具。
9、新型抗风浪网箱研制和基础研究持续深入
通过“十五”支撑计划和863计划的支持，在该技术领域和方向上形成了一定的研究优势和科研积累。以我院南海所、黄海所和渔机所等单位针对南北方不同海域状况和养殖技术要求，分
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