目前墨西哥的渔业领导机构是农业农村畜牧渔业食品部，该部门负责制定和实行渔业发展计划。其它与渔业直接相关的两个机构是全国渔业委员会和国家水产研究院。这两个机构为渔业生产提供行政指导和科学技术上的支持。

农业农村畜牧渔业食品部包括许多办公室和执行机构。2001年后，该部门负责渔业水产的立法工作。其主要职能范围包括：确定适渔地区和水域，管理鱼种引进，推动水产业的发展。

全国渔业水产委员会成立于2001年，是农业农村畜牧渔业食品部的执行机构，负责渔业水生资源的可持续开发和利用的管理、协调和政策实施。国家水产研究院也是农业农村畜牧渔业食品部的执行机构，主要进行水产技术的科研，并就渔业资源的保护、增殖、鱼种的培育等问题提出科学建议，支持渔业委员会的工作。国家水产研究院编制全国水产图谱并每年进行更新，记载墨西哥境内水体中的所有渔业资源。

农业农村畜牧渔业食品部已经编制了部门计划（2001－2006）以实现渔业水产资源的可持续利用，取得最大的经济和社会效益；该计划还将积极推进渔业水产活动的立法工作。