在获得巨大收益的同时，大规模地利用填海造地来发展工业经济也给日本带来了巨大的后遗症。日本环境厅曾发表的调查数字显示，自1945年到1978年，日本全国各地的沿海滩涂共减少了约3.9万公顷，此后每年仍然以约2000公顷的速度消失。而最明显的问题还应属海洋污染，很多靠近陆地的水域里已经没有了生物活动。同时，由于海岸边都是工厂和砌着混凝土围墙，人们已经很难接近岸边、看到海岸的情况。整个日本的近海海域在经历了20世纪六七十年代的严重工业污染之后，尽管政府开始立法要求各工厂和城市限制排污，并使情况得到了一定程度的缓解，但是要恢复以前的情况已经变得非常困难。

在东京、大阪等港口地区，由于海岸线都被垂直建筑所取代，使可以平衡海洋生态的海洋生物无法栖息在海岸边。其实这种情况在日本全国都不同程度地存在着。而由于许多地方都已经没有了自然的海岸线，取而代之的是各种混凝土挡墙和大坝，而工厂和城市长期排放污染物使得硫酸还原菌等细菌大量滋生，海底更是完全变了模样，不但生物无法生存，更大量出现了赤潮的情况。过度的填海造地还导致了日本一些港湾外航道的水流明显减慢、天然湿地减少、海岸线上的生物多样性迅速下降。由于海水自净能力的减弱，水质也日益恶化。总体来讲，整个日本的近海海域在经历了20世纪六七十年代的严重工业污染，要恢复到此前的生态环境已经非常困难。

为改善环境、遏制环境污染的势头，一方面，日本希望能利用科技的发展为环境的恢复做出努力。日本为此专门设立了再生补助项目。日本各种海洋环保研究机构不断进行各种试验，希望能够找到一些恢复生态环境的好方法，这些试验包括人造海滩、人造海岸、人造海洋植物生存带等，目前已取得了一定的成效。但是，恢复受损环境是一项长期的工作，需要巨大的资金投入和其他投入，所以日本政府也邀请了世界各地的海洋、环保学者，并提供资金和设备进行研究和试验。

另一方面，日本政府也加强了对填海造地及海洋环境的管理。按照日本现有法律规定，如果要进行填海造地工程，地方政府要首先组织各方人员进行广泛调查，其中最主要的内容就是了解填海将对周围环境造成怎样的影响，随后把报告再提交环境省审批。如今日本国内新的填海工程申请基本被禁止，只是城市垃圾的填埋有时会被考虑在内。对已经开工和计划开工建设的填海工程，日本政府会在施工过程中实施定期监督，其中包括对施工海域的环境调查、对生物多样性的调查以及其他环境保护措施。对于恢复环境的工作思路，日本政府则充分全面地考虑了树木、水和人三者之间的和谐，试图建立生物多样性的生态环境。例如在20世纪80年代，地处神户地区的日本钢铁公司搬走后，兵库县及下辖尼崎市政府很快出钱把工厂空地买了下来，通过努力使其在20年后成为了一块综合性绿地。对于恢复环境的具体方式，日本政府考虑了多种树木，选择了不同树种，采用了在靠海的地方植种比较高大的树用来防风等方法。(来源: 中国海洋网)