为了适应和满足新时期广东省海洋经济可持续发展和海洋生态环境有效保护的要求，实现海洋经济持续发展、海域环境不断改善、海洋资源永续利用、生态良性循环和人与自然和谐相处的目标。2003年5月，广东省海洋与渔业局委托我院南海水产研究所牵头，联合广东省海洋与水产自然保护区管理总站、广东省海洋与渔业环境监测中心共同组织编制《广东省海洋环境保护规划》（以下简称《规划》）。《规划》2006年2月经省政府常务会议审议同意；2006年6月由广东省海洋与渔业局发布实施。

《规划》以落实《全国海洋经济发展规划纲要》确定的海洋环境保护任务，采取有效措施，确保重要海洋生态系统得到有效监控，重点海域污染物排放总量得到有效监控，主要海洋生态灾害得到有效监控，海洋功能区环境质量全面达标的“三控一达标”为总体目标。突出“四并、三结合、两同时”战略思想。坚持海洋环保与发展并举，海域与陆域环保并重，海域与海岸工程监管并行，城镇治污与港、湾、河整治并进；海洋监测、监视与预警预报相结合，趋势监测、例行监测与专项监测相结合，环境影响前期评价、过程评价和后续评价相结合；污染防治与环境修复制度同时建立；陆源排污总量与近岸环境容量控制制度同时建立。

《规划》以实施“截源、修复、强基”为三大战略。“截源”战略，即污染物总量削减战略，控制海域环境污染与损害的源头，削减工业污染源、城镇生活污染源、农业面源污染源、海上污染源的源强和排放总量，减少海域生态敏感区域内的社会经济规模，有序地退出各种不符合海域生态环境要求的开发活动，保障海域的生态安全；“修复”战略，即海域污染治理战略，以重点河口、海湾和港口为中心，将污染严重的各类海洋环境功能区和损伤、退化严重的海洋生态系统优先加以整治，退“污染”还“清洁”，使各类海洋功能区的环境质量逐步达到标准要求；“强基”战略，即海域生态建设战略，以海洋自然保护区和海洋保护区建设为核心，强化海域生态建设，对典型、重要的生态系统和生物多样性实行生态抚育和养护，逐步恢复各类海洋生态系统的功能，实现海域生态环境良性循环。

《规划》以 “一个重点、三个优先领域”为重点，完成“四大工程”。重点治理和修复珠江口区域，突出“削减污染源、近岸生态环境监控和海洋自然保护区建设”三个优先领域，完成“污染源削减、重点海域环境污染整治与修复、生态保护与自然保护区建设和环境监测体系建设”四大工程。