自2013年11月水科院开展“三个专项”整治工作以来，院机关、院属单位按照院党组部署的专项整治任务，设立工作机构，立说立行，边查边改，狠抓落实，一些群众反映较多的问题得到有效整改，专项整治行动取得阶段性成效。

一是严控三公经费支出，制度保障进一步完善。在全院集中开展了“三公”经费专项整治自查自纠、整改抽查活动。重点检查“三公”经费预算执行情况。2013年，全院公务接待费开支显著下降，公车购置和运行维护费用控制合理，因公出国（境）经费未突破预算。院专项工作小组对部分单位进行了抽查和督促整改。各单位针对自查自纠中查摆的问题，认真分析原因，扎实推进整改。一方面采取针对性管控措施。如：公务接待安排在食堂就餐，严格控制陪同人数；通过招标主动实行“公务用车三定点”（定点保险、定点加油、定点维修）制度；严格按预算控制因公出国（境）支出等。另一方面强化制度建设。目前，院及院属单位制、修订了《公务接待和考察调研实施办法》、《因公出国学习、进修和培训管理暂行规定》、《经费支出审批管理办法》等一批规章制度，进一步完善了全院对严控三公经费的制度保障。

二是定位科研不端行为根源，监管惩戒进一步加强。在全院深入开展科研不端行为专项整治活动。在全院范围内发放了《学术腐败行为调查问卷》，就学术腐败行为具体表现、影响程度、产生原因、防治措施和相关建议进行深入调查，汇总分析调查结果，形成《院学术腐败行为调查情况报告》。院成立了专项检查组，就各研究所落实科研行为不端专项整治工作进行了督察。按照针对行为根源对症下药的整改原则，院制定印发了《科研不端行为监督管理办法（试行）》，进一步强化了全院对科研不端行为的监管惩戒力度。