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长江所发布银鲴高质量染色体水平基因组
2025-05-08 10:37:19  来源:长江水产研究所

中国水产科学研究院长江水产研究所鲢鳝遗传育种创新团队在银鲴种质资源挖掘方面取得新进展。

由于基因组资源的缺乏,银鲴的系统发育、适应性进化策略,以及优良性状形成的遗传基础研究十分匮乏,制约了该物种资源的充分利用。研究团队结合Pacbio CCS、Hi-C和Illumina测序技术对银鲴基因组进行组装,获得了一个高质量的染色体水平银鲴参考基因组。该基因组的大小为984.96 Mb,contig N50为36.02 Mb,其中99.47%的序列被挂载到24条染色体上,并且有18条染色体中没有gap。该基因组注释到560.27 Mb的重复序列,以及28533个蛋白质编码基因。质量评估显示,该基因组的BUSCO评估值为97.2%,二代数据比对率达99.89%,碱基的质量值(Qv)为52.22,并且挂载后的染色体基因组与近缘种细鳞斜颌鲴和团头鲂展示出良好的共线性,显示出该基因组较高的完整性、一致度和挂载准确度。该研究成果为银鲴的种质资源鉴定评价、适应性策略和优良性状的遗传基础等提供了参考,也为深入解析鲤科鱼类的系统发育和进化历史提供了支撑。相关研究成果在国际期刊Scientific Data在线发表。

银鲴(Xenocypris argentea)是鲤科、鲴亚科的一种中小型淡水鱼,广泛分布在我国的主要水系和附属湖泊中。它主要栖息在中下层水域,以腐殖质、硅藻和附着藻类为食,常被用作工具鱼净化水质。银鲴生长快、病害少、繁殖力强且适应性强,可以生活在复杂多样的水域中,常因地理隔离形成不同地理种群,遗传资源丰富。

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