种业是花鲈全产业链的“压舱石”，是广东省发展现代化海洋牧场的原动力。目前，虽然花鲈养殖面积和产量逐年增加，但花鲈育种工作依赖传统育种技术，育种进程缓慢，尚无符合现代化海洋牧场产业化需求，具有速生、抗风浪、低饵料系数等经济性状优良品种见诸报端；此外，广东省乃至全国野生花鲈基因资源污染严重，繁殖所用的南北方花鲈种群混杂，质量参差不齐。花鲈种质质量退化严重，导致生长速度减慢、抗病能力降低、病害频发，种质问题已经成为广东省现代化海洋牧场花鲈种业的空前挑战，全面开展基因芯片等高效的现代分子育种技术研究，将有助于加速花鲈育种进程，助力现代化海洋牧场建设。

为解决产业面临的“卡脖子”问题，创建花鲈精准高效育种技术体系，中国水产科学研究院南海水产研究所院级花鲈基因资源评价与遗传育种创新团队基于前期自行构建的高质量基因组数据，结合GenoBaits®技术体系，研发了具有自主知识产权的首个花鲈40K液相育种芯片“海鲈1号”。这是一款应用于筛选、创制具有速生、抗逆、抗病、抗风浪等经济性状，且满足深远海养殖、陆基池塘、工厂化循环水等多种生产需要的花鲈新品种/系所特制的种业芯片，能够实现快速、精准、高效的分子育种，助力花鲈种业创新发展。

“海鲈1号”液相芯片共计包括279个GWAS分析性状关联标记，以及41705个基于遗传连锁关系挑选的基因组均匀分布的背景位点，其平均检出率高达99.25%~99.71%，分型一致性高达98.64%，平均覆盖度为99.21%，平均位点缺失率为0.55%。该芯片具有基因组上均匀分布、多态性高等特点，可以实现高效的群体划分、亲权关系鉴定、分子标记辅助选育、全基因组选择等诸多功能，且基因分型+全基因组关联分析（GWAS）周期仅需2周左右，在基因组选择育种中展现出广阔应用前景。

图 1“海鲈1号”花鲈40K液相芯片

图 2 SNP在染色体上的分布

图 3 SNP标记MAF分布统计

图 4 Gap分布情况

图 5 SNP标记在基因组中的分布

图 6 不同家系花鲈分群效果