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黑龙江所发布首个乌苏里白鲑染色体水平基因组图谱
2024-09-02 14:04:24  来源:

黑龙江所鲑鳟遗传育种与陆海接力养殖联合攻关创新团队黄天晴、徐革锋等人完成了乌苏里白鲑( Coregonus ussuriensis)全基因组的测序与组装,绘制首个乌苏里白鲑染色体水平基因组图谱。相关成果“A chromosome-level genome assembly and evolutionary analysis of Coregonus ussuriensis Berg”发表在国际期刊《Scientific data》(IF:5.8,JCR1区,https://doi.org/10.1038/s41597-024-03642-0)。

乌苏里白鲑属鲑形目、鲑科,分布于我国黑龙江、俄罗斯西伯利亚等水域,其肉质细腻、味道鲜美,具有较高的营养价值和经济价值。由于生存环境的恶化和过度捕捞等因素,乌苏里白鲑数量已经出现了明显的下降,并被列入了《中国濒危动物红皮书》鱼类卷。为加强乌苏里白鲑的种质资源保护和利用,为其人工繁育、分子标记提供理论基础,黑龙江所开展了乌苏里白鲑的全基因组研究。该研究采用PacBio测序技术和Hi-C组装技术,构建了乌苏里白鲑染色体水平参考基因组,基因组全长2.51 Gb,contig N50长度为4.27 Mb,scaffold N50长度为62.20 Mb,注释了43320个蛋白质编码基因,平均长度为19815.01 bp,每个基因的平均编码序列长度为1524.46 bp,平均外显子数为8.68个。共线性分析发现乌苏里白鲑与Coregonus sp. BalchenOncorhynchus mykissSalmo salar存在很强的同源性,全基因组复制(WGD)分别发生在同源位点突变率(Ks)0.1246、0.1246、0.2951、0.1305附近,在Ks值为0.1645时乌苏里白鲑与大西洋鲑发生了物种分化。该基因组的组装为开发乌苏里白鲑生长繁育、抗逆等经济性状的分子标记提供了重要的数据参考。

该研究得到中央级公益性科研院所基本科研业务费专项(HSY202103M)、国家现代农业产业技术体系(CARS-46)和中国水产科学研究院基本科研业务费 (2023TD96)项目资助。


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